Desenvolvimento e Implementação de Algoritmos Paralelos para Problemas de Biologia Molecular Computacional

O projeto focaliza o desenvolvimento e implementação de algoritmos paralelos para problemas de Bioinformática, usando os modelos Bulk Synchronous Parallel Model (BSP) e Coarse-Grained Multicomputer Model (CGM). Os algoritmos serão implementados nos Beowulfs do IME-USP e IC-Unicamp, utilizando a biblioteca Message Passing Interface (MPI). No presente projeto, pretendemos tratar de problemas solucionáveis seqüencialmente por algoritmos baseados em Programação Dinâmica, em especial do problema de Alinhamento Múltiplo de Seqüências. O objetivo principal é desenvolver e implementar algoritmos paralelos eficientes para os seguintes problemas: edição de seqüências; alinhamento de seqüências; e maior subseqüência comum entre duas cadeias, e outros relacionados.

Coordenadores: Henrique Mongelli, Nalvo Franco de Almeida Junior e Edson Noberto Cáceres.